Поскольку генетические последовательности SARS-CoV-2, причины новой пневмонии (COVID-19), аналогичны последовательностям вируса SARS 2003 года, SARS-CoV, знания и данные о SARS-CoV могут быть полезны для поиска способов борьба с COVID-19. Такой подход был использован исследовательской группой Гонконгского университета науки и технологий (HKUST) во главе с проф. Мэтью Маккей, из департаментов электронной и компьютерной инженерии, химической и биологической инженерии, и д-р. Ахмед Абдул Квадир, чтобы создать первую в своем роде веб-платформу для отчетности по целевым рекомендациям вакцины против COVID-19, чтобы помочь ученым всего мира в поисках эффективной вакцины против COVID-19.
Платформа под названием COVIDep реализует идеи, представленные командой в более раннем исследовании, чтобы сообщить о вирусных фрагментах, называемых эпитопами, которые могут запускать иммунные ответы человека против SARS-CoV и которые также имеют близкое генетическое соответствие в SARS-CoV- 2. Выявленные эпитопы могут определять дизайн вакцин против SARS-CoV-2, поскольку они представляют собой части вируса, для которых может быть установлен устойчивый защитный иммунный ответ. Он также может помочь в проведении лабораторных экспериментов для понимания иммунных ответов людей, инфицированных COVID-19, и для исследования иммунных ответов, вызываемых существующими вакцинами-кандидатами.
Новая платформа объединяет все доступные последовательности SARS-COV-2 на ежедневной основе, что составляет более 33000 по состоянию на 28 июня, и предоставляет научному сообществу актуальную информацию об иммунных мишенях (В-клеточные и Т-клеточные эпитопы) потенциально. способен вызывать защитный иммунный ответ против вируса. Периодическое обновление системы имеет важное значение, поскольку последовательности SARS-CoV-2 становятся доступными с беспрецедентной скоростью, а рекомендация относительно целей вакцины зависит от недавно наблюдаемой генетической изменчивости SARS-CoV-2. Для рекомендуемых Т-клеточных эпитопов платформа сообщает об оценке популяции в глобальном масштабе и для конкретных регионов. Это может быть полезно для определения процента людей в конкретной популяции, у которых ожидается развитие иммунного ответа против эпитопа, если он будет выбран в качестве мишени для вакцины.
Рекомендации, предоставленные COVIDep, могут использоваться для широкого руководства разработкой вакцин и связанных с ними экспериментальных исследований, а также могут помочь ускорить открытие эффективной вакцины против COVID-19. Многие вакцины или иммунные мишени, рекомендованные COVIDep, поддерживаются новыми экспериментальными исследованиями SARS-CoV-2. То есть иммунные ответы против них наблюдались в образцах крови, взятых у выздоровевших пациентов с COVID-19, и в некоторых доклинических испытаниях вакцин.
Проф. Маккей – профессор кафедры электроники & Компьютерная инженерия и химия & Биологическая инженерия в HKUST; Доктор. Квадир – научный сотрудник кафедры электроники & Компьютерная инженерия. Эта платформа была недавно опубликована в научном журнале Nature Protocols.