Согласно исследованию, опубликованному в JAMA, среди группы из 2000 пациентов, направленных для оценки предполагаемых генетических состояний, секвенирование всего экзома обеспечило потенциальную молекулярную диагностику для 25 процентов, включая обнаружение ряда редких генетических событий и новых мутаций, способствующих развитию заболевания. Исследование выпускается приуроченным к ежегодному собранию Американского общества генетиков человека.
При секвенировании всего экзома одновременно анализируются экзоны или кодирующие области тысяч генов с использованием методов секвенирования следующего поколения. Посредством секвенирования экзома пациента и сравнения его с нормальной эталонной последовательностью можно идентифицировать вариации в последовательности ДНК человека и связать их с медицинскими проблемами человека в попытке обнаружить генетическую причину медицинского расстройства в соответствии с исходной информацией. в статье.
Япин Ян, доктор философии.D., и Кристин М. Англ., М.D., из Медицинского колледжа Бейлора, Хьюстон, и его коллеги ранее провели пилотное исследование секвенирования всего экзома, в котором участвовали 250 пациентов. Это текущее исследование включало 2000 пациентов (в основном педиатрических, 88 процентов), с анализом клинического секвенирования всего экзома в период с июня 2012 года по август 2014 года. Врач пациента назначил анализы на предмет подозреваемых генетических заболеваний. Образцы периферической крови, тканей или экстрагированной ДНК были взяты у пациентов или их родителей. У большинства пациентов были неврологические нарушения или задержка развития (87.8 процентов; неврологические, неврологические и другие системы органов и определенные неврологические группы) и 12.2 процента пациентов имели неневрологические нарушения (неневрологическая группа).
Молекулярный диагноз был зарегистрирован у 504 пациентов (25.2 процента) с 58 процентами диагностических мутаций, о которых ранее не сообщалось. Показатели молекулярной диагностики для каждой фенотипической категории (физических проявлений) составляли 143/526 (27.2 процента) для неврологической группы, 282/1147 (24.6 процентов) для группы неврологических и других систем органов, 30/83 (36.1 процент) для конкретной неврологической группы и 49/244 (20.1 процент) для неврологической группы.
Из 2000 случаев 95 случайных находок, имеющих медицинское значение, было зарегистрировано у 92 пациентов (4.6 процентов). У трех пациентов было более 1 таких находок. У 59 пациентов (3 процента) случайные находки произошли в генах, включенных в список 56 генов, рекомендованных к раскрытию Американского колледжа медицинской генетики и геномики. Остальные 33 пациента (1.7 процентов) имели мутации в генах, о которых сообщалось на основании местных критериев исследователя для сообщения о медицинских результатах.
"Уровень молекулярной диагностики в 25 процентов наблюдался в нашем пилотном исследовании 250 случаев и оставался неизменным в этой более крупной серии преимущественно педиатрических пациентов с различными клиническими проявлениями, наиболее известными из которых являются умственная отсталость и неврологические фенотипы," авторы пишут.
Они добавляют, что примерно 30 процентов положительных случаев, описанных в данном документе, содержали предполагаемые причинные мутации в генах болезней, обнаруженных с 2011 года, что отражает преимущества ускорения темпов открытия генов болезней. "Тестирование секвенирования всего экзома – это платформа, подходящая для своевременного включения новых генов болезни, поскольку она опрашивает целые области кодирования, что позволяет автоматизировать обновление аннотации генов болезни для клинической отчетности даже после завершения первоначального анализа."
Исследователи приходят к выводу, что "наблюдаемая гибкость и результативность секвенирования всего экзома может иметь преимущества перед традиционными подходами молекулярной диагностики у некоторых пациентов."